納豆やヨーグルト、キムチなどの発酵食品にプロバイオティクス（※一般的に乳酸菌やビフィズス菌などの、善玉菌とも呼ばれている健康に有益な働きをもたらす生きた微生物）が含まれていることはよく知られています。

しかし、これは実は誤解です。厳密に言えば、これらの食品に生きている微生物は含まれてはいますが、それらの微生物は必ずしも「プロバイオティクス」の科学的定義に当てはまっているわけではありません。

世界保健機関（WHO）はプロバイオティクスを「十分な量で摂取すると宿主に健康上の有益な働きをもたらす生きた微生物」と定義しています。

あなたがこれまで食べたヨーグルトには細菌（微生物）が多少含まれていたかもしれませんが、それがどの菌株かご存じですか？その菌数（CFU／コロニー形成単位）は？そして最も重要なこととして、それらの菌株はその含有量で研究され、健康上の有益な働きをもたらすことが証明されていますか？

これは、発酵食品を摂取すべきではないということではありません。多くの発酵食品や発酵飲料は非常に栄養価が高く、おいしいです。ここでのポイントは、それらの発酵食品や飲料は必ずしもプロバイオティクスの確実な摂取源であるとは限らず、臨床実験で特定の健康効果もたらす、ということが実証された高品質のプロバイオティクスサプリとは比較にならない（という）ことです。